L’ensemble des génomes des bactéries colonisant l’organisme d’un animal. Les bactéries qui vivent en commensalisme avec le corps des animaux y jouent des rôles très importants, notamment pour la digestion et la défense contre les organismes pathogènes. L’ensemble de leurs populations forme un écosystème dont on sait peu de choses et qui fait aujourd’hui l’objet d’études. Un séquençage collectif de ces organismes est possible (métagénomique), applicable à un écosystème complet.